Включить netflow:

(config)# interface Virtual-Template1
(config-vlan 1)# ip route-cache flow
(config-vlan 1)# exit
(config)# ip flow-export enable
(config)# ip flow-export destination 192.168.0.1 3676

Программа для сбора пакетов и записи в файл: NetFlow Packet Dumper.

Другие программы: http://www.networkuptime.com/tools/netflow/

http://www.switch.ch/tf-tant/floma/software.html