Для того, чтобы выдавались сертификаты через web-интерфейс нужно внести изменения в файл C:\WINNT\system32\certsrv\certrqma.asp, то есть исправить ошибку:
var L_TemplateCert_Text="\" Сертификат \"+sTemplate+\"";
заменить на
var L_TemplateCert_Text="\" Сертификат \"+sTemplate";